心脏外科医学中心由成人心脏外科中心和小儿心脏外科中心组成。其中成人心脏外科是北京安贞医院重点临床科室，连续4年稳居复旦版中国医院专科排行前2位，专科绩效及经费项目支持院内排名第2位，仅次于心脏内科医学中心。中心拥有北京学者2人，医师212人，护士388人，设立床位500张，设立9个亚专业病区：瓣膜外科中心，冠心病外科中心，主动脉外科中心，微创心脏外科中心，结构性心脏病外科中心，心脏外科综合病区，心肺移植中心，心脏杂交治疗中心，心脏外科中心实验室。

中心诊疗技术覆盖成人心血管疾病的全部病种，包括成人先心病、瓣膜病、冠心病、大血管疾病、心肌病、心衰、妊娠合并心脏病等，实现心血管疾病的全生命周期管理。中心年连续2年心脏外科手术量大于14000例，手术量稳居国内前2位，非计划再手术率0.04%，四级手术占比在80%以上，微创心血管手术在30%以上。其中主动脉外科治疗、搭桥、瓣膜手术医疗质量接近国际先进医学中心，例如主动脉夹层和胸腹主动脉瘤的外科治疗，妊娠合并心血管危重症的多学科救治，风湿性心脏病二尖瓣成形、人工心脏和左心室辅助装置、微创冠脉搭桥、右腋下小切口先心病外科手术等等。中心也是妊娠合并主动脉夹层救治数量全球最大的中心，国内最早能开展心脏四大瓣膜介入手术的中心，微创冠脉搭桥手术位居全国第3位。

中心在复杂重症主动脉疾病、复杂冠心病、风湿性瓣膜病二尖瓣成形等方面获得了多项国家级及省市级成果。仅近3年国家级科研项目立项21项，科研总经费4031万，每百人均315万元。

作为外科住院医师规范化培训基地、心外科专科医师培训基地、首都医科大学博士培养点、首都医科大学硕士培养点，中心拥有一大批具有行业影响力的专科带头人，引领学科发展。近5年专科带头人担任国家级主委1人次、副主委3人次，省部级主委3人次、副主委2人次，拥有博士研究生导师10人，硕士研究生导师21人，近5年培养博士56人，硕士70人。其中主动脉外科中心被认定为美国胸外科协会(AATS)在亚洲唯一的主动脉外科培训基地，2023年入围国家卫健委炬火计划外科基础技能培训基地。

北京安贞医院小儿心脏中心由吴英恺院士亲手创建于1984年，是国内第一个以国际先进的内外科紧密结合的工作模式运行的现代化专业儿童心血管病专科。经过三十多年的快速发展，已发展成为医疗设施先进、专业建设完善、技术队伍成熟的儿童心血管病诊疗中心。

小儿心脏外科和监护室团队目前拥有医生37名，其中主任医师7名，副主任医师10名，博士学位18人，硕士学位15人。小儿心脏外科手术例数超过2500例/年，其中新生儿病例近百例。

科室特色：一、先天性心脏病三级防治工作的开展和普及：在北京市乃至全国率先开展先天性心脏病三级防治网络，通过举办学习班、到访全国多省市多地区建立先天性心脏病三级防治基地等方式普及三级防治相关知识和理念，涉及对象包括妇幼保健院、妇产科、新生儿科、普通儿科、心脏内科、心脏外科、超声科的医务工作人员。 先天性心脏病三级防治：一级预防：产前危险因素预防；二级预防：孕期（22周-26周）胎儿超声心动图监测；三级预防：产后早发现、早诊断和早治疗。 二、母、胎一体化诊疗绿色通道：小儿心脏中心是国内首家集小儿心脏外科、小儿心脏内科、小儿心脏重症监护室和心脏超声科为一体先天性心脏病诊疗中心。目前和我院妇产科、新生儿科建立合并先天性心脏病孕妇和新生儿的诊疗绿色通道，一体化管理，旨在提高孕妇围产期和新生儿围生期安全，让合并先天性心脏病的危重症新生儿得到第一时间的救治，提高存活率。我院还专门设立“母胎医学会诊中心多学科门诊”，提供各类胎儿先天性心脏结构畸形、心功能异常、心脏肿瘤、心肌病、心律失常咨询，时间：每周四下午，地点：门诊11层多学科门诊中心。 三、右腋下小切口外科手术：美观、隐蔽、安全性高。避免正中开胸手术对胸廓完整性的破坏，减少手术切口对孩子心理的影响。涉及病种包括：房间隔缺损、室间隔缺损、肺动脉瓣狭窄、动脉导管未闭、部分型肺静脉异位引流（部分右侧）、轻症法洛四联症、二尖瓣关闭不全、部分心内膜垫缺损、右心室双腔心或右室流出道狭窄。最小体重4kg，最大体重100Kg，完成近万例，无并发症。 四、新生儿危重症先天性心脏病的诊断和治疗。随着外科、麻醉、体外循环技术的快速进步和发展，先天性心脏病的治疗趋于小龄化，早期治疗最大程度的减轻先天性心脏病对孩子的不利影响。小儿心脏中心王强主任精通复杂、重症先天性心脏病外科治疗，年完成小婴儿手术500余例，年完成新生儿复杂手术近50例，最小年龄2天，最小体重1.4公斤，囊括主动脉弓中断、心下型梗阻型肺静脉畸形引流、肺动脉闭锁矫治、完全大动脉转位、左心发育不良等先心病复杂畸形。特色治疗包括左心发育不良NorwoodⅠ期矫治、肺动脉闭锁单源化根治手术、不跨环治疗法乐氏四联症，均取得满意的手术效果，无手术死亡，远期效果良好。 五、原发肺动脉高压的外科手术治疗：原发性肺动脉高压 (或特发性肺动脉高压)，是一种原因不明，以肺血管阻力进行性升高为主要特征的肺血管疾病，病理上表现为“致丛性肺动脉病”，即由动脉中层肥厚、向心或者偏心性内膜增生及丛状性损害和坏死性动脉炎等构成的疾病。小儿心脏中心王强主任研究发现，在此类“原发性肺动脉高压”患者中大部分病例可以通过外科手术取得满意的手术疗效，为“原发性肺动脉高压”患者的诊疗提供了新的思路。