药事部是集药品供应保障、临床药学服务、合理用药管理、药物临床研究、科研教学科普于一体的综合性专业技术与职能科室。内设门诊调剂（含门诊、急诊、发热/肠道、特需药房和草药房）、住院调剂（含住院药房、配液中心、口服药摆药室、手术室药房）、药库、临床药学、制剂室以及药物临床试验等部门。药事部现有专业技术人员160余人，其中拥有高级职称16名，硕士及以上学历人员22名，临床药师23名。

药事部在北京率先成立用药咨询中心，并牵头起草建设与服务标准；率先开展精准药学服务；牵头制定出院带药宣教北京市地方标准；开展心血管相关疾病多项药物治疗路径和真实世界研究等。药物临床研究是国家心血管疾病临床医学研究中心重要组成部分，是北京市示范性研究型病房建设单位，牵头承担国家“十二五”“十三五”重大新药创制专项、北京市医管局“扬帆”心血管临床药学等科研项目，参与“十三五”精准药学研究等项目，获得多项国家及北京市自然科学基金等课题。承担首都医科大学本科生、研究生教学与生产实习、北京卫生学校大专实习任务，是国家临床药师培训基地；连续多年主办国家级、北京市级和朝阳区级继续教育项目。