病理科创建于1984年，是安贞医院最早成立的科室之一，现为北京市临床病理学科住院医师培训基地，首都医科大学第六临床医学院临床病理教研室，首都医科大学临床病理学硕士学位培养点，并逐步形成以心血管疾病及与之相关疾病的病理诊断为特色的综合病理诊断中心。目前科室拥有常规病理技术室、免疫组化室、分子病理室等，可开展常规病理诊断、术中快速病理诊断、细胞病理诊断、尸体解剖病理诊断、分子病理学诊断及快速石蜡病理诊断等技术。已形成胸心病理学、乳腺病理学、消化病理学、泌尿生殖病理学、妇产病理学、骨及软组织病理学及细胞病理学等多个亚专科专业。病理科在心肺移植病理、心内膜心肌活检、胎儿心脏病理解剖病理等方面积累了丰富的经验，同时在大血管疾病病理诊断、心脏肿瘤及妊娠合并心脏病的胎盘病理诊断等方面也独具特色。病理科具有高水平、高素质的诊断医师及技师。知名病理学专家3人，陈东主任现为中华医学会病理学分会心血管学组组长，北京市病理质控中心副主任、首医临床病理中心副主任。多名医师已成为中华医学会病理学分会及北京医学会病理学分会各亚专业组、其它医疗协会的常委及委员。 “明病辩理，精准规范”，是病理科的理念与追求。