首都医科大学心脏病学系由基础医学院、安贞医院、朝阳医院、宣武医院、同仁医院、天坛医院、友谊医院、复兴医院、世纪坛医院、地坛医院、北京中医医院、北京儿童医院11家三级医院和潞河医院、丰台医院、电力医院、石景山医院、怀柔医院、密云医院、大兴医院、平谷医院、良乡医院9家二级医院附属医院和教学医院构成，覆盖全北京市，为整合资源、推广技术、推进学科建设和人才培养的综合性医、教、研公共平台。首都医科大学附属北京安贞医院为学系办公室所在地，现任系主任为马长生教授。

首都医科大学心脏病学系是心血管疾病诊疗新技术的孵化应用评价基地和心血管专科人才培养的全国最大的基地之一，拥有一大批临床研究的领军人才、学科带头人和技术骨干。为北京中心在北京地区的研究网络建设提供了行政基础。做为多层次、立体化临床研究和培训体系，心脏病学系不仅包括了国内著名心脏中心和综合性大医院，也包括区、县医院直至社区的各级医疗机构，建立了三甲医院-二级医院-社区之间互动互利的新型临床研究和培训模式，特别是为适宜技术的开发和推广提供了得天独厚的条件。学系不仅可充分发挥大医院的技术优势和人才优势，致力于心血管高、精、尖技术的创新和开展，更有利于新型医疗服务模式和系统管理等研究的开展，尤其适于在三甲医院的带动下建立基层示范基地，开展基层心血管防治相关的适宜技术及其推广应用研究。

经过五年建设，心脏病学系的学科队伍建设取得了突出成绩，目前已形成高层次人才为主、结构合理、医疗教学科研能力同步发展的学科团队。经过建设，本学科的科研平台建设取得了长足进步，首都医科大学附属北京安贞医院是国内领先的心血管疾病治疗方法和技术手段的研发和技术转化中心，是我国心血管领域临床治疗、临床研究和转化研究的旗舰单位之一，拥有卫生部国家临床重点专科/教育部国家重点学科心内科、北京市心房颤动临床诊疗中心;重大心血管疾病新药临床研发公共资源平台、心血管疾病新药临床研究技术平台;具有成熟、广泛的转化医学研究平台，包括北京市心肺血管疾病研究所、北京市科委科研基地-重点实验室-省部共建心血管重塑相关疾病教育部重点实验室、科技部国际合作基地、北京市心血管重点实验室、北京市心脑血管病治疗技术与器械工程研究中心;已经建成心房颤动、主动脉夹层、主动脉病理组织、胎儿心脏畸形、少见心血管疾病等规范化的生物样本库和信息库;有随访20年的中国多省市心血管病前瞻性队列、房颤病例队列、冠心病病例队列和主动脉夹层病例队列。建设期间，本学科瞄准临床医学的发展前沿，发挥自身特色和优势，围绕心血管重大疾病的防治问题，以冠心病、心律失常和心血管流行病学为主要研究方向，从基础到临床深入开展系统的科学研究和临床技术攻关工作，取得了一系列国内领先的研究成果，从不同角度丰富了心血管重大疾病的防治的基础理论与实践知识。建设期间，本学科在国家级、省部级项目的承担和高级别科技奖项的获得实现了跨越式进步。建设期间，建成了涵盖本科、硕士生、博士生、博士后的全系列培养体系。